Permasalahan yang ada di desa tidak sama, dari RT 01-15 yang ada di Pegalangan Kidul berbeda permasalahannya. Setiap permasalahan dimasukkan ke dalam RPJMDes, dengan sumber dana berasal dari Desa. Melalui RPJMDes akan membentuk visi misi desa yang akan dicapai.

Visi dan misi merupakan gambaran masa depan, sebagai tujuan utama juga pandangan ideal yang harus dicapai dengan berbagai upaya bersama. Melalui sebuah visi, akan dicapai sebuah perubahan positif, dimana Desa Pegalangan Kidul menjadi Desa yang dicita-citakan, ditempati sekelompok masyarakat yang maju, mandiri, eksis, aspiratif, inovatif serta produktif.

Visi misi pertama adalah menjadikan desa Pegalangan Kidul sebagai desa digital. Desa digital merupakan konsep program yang menerapkan sistem pelayanan pemerintahan, pelayanan masyarakat, dan pemberdayaan masyarakat berbasis pemanfaatan teknologi informasi. Program ini bertujuan untuk mengembangkan potensi desa, pemasaran dan percepatan akses serta pelayanan publik. Setiap warga masyarakat akan terakses internet, semua surat-surat kependudukan  (KTP, akte, KK) dapat di cetak di kantor desa.

Visi misi kedua adalah terwujudnya tata kelola pemeintahan yang baik dan transparan di desa Pegalangan Kidul. Kasi pemerintahan harus membuat program nyata untuk kemajuan desa Pegalangan Kidul. Pemerintahan Desa Pegalangan Kidul harus sesuai SOP, namun harus tetap dinamis apabila ada kasi pemerintah yang mempunyai kepentingan. Aturan cuti perangkat desa pun juga harus jelas.

Visi misi ketiga adalah berwawasan lingkungan dan berakhlakul karimah.  Pembangunan desa Pegalangan Kidul harus sesuai dengan tupoksi masing-masing. Misal dengan memanfaatkan PKK.

Rencana Pembangunan Jangka Menengah Desa (RPJMDes), adalah Rencana Kegiatan Pembangunan Desa untuk jangka waktu 6 (enam) tahun, mencakup bidang penyelenggaraan pemerintahan Desa, pelaksanaan pembangunan Desa, pembinaan kemasyarakatn Desa dan pemberdayaan masyarakat Desa, serta Penanggulangan bencana. Dengan dibentuknya tim penyusun RPJMDes, diharapakan visi dan misi desa Pegalangan Kidul dapat terlaksana dengan baik.